El primer trabajo consistió en reparar los murales que contienen reproducciones de los Papas Pablo VI, Juan Pablo II, Pío XII y Juan XXII, que representaban serios síntomas de afección por humedad extrema, retenida por la presencia de filtraciones procedentes del muro exterior de la Basílica que limita con el atrio. Debido a este hecho, se han restituido las faltas de mortero detectadas para su posterior reintegración cromática.
Las labores de conservación siguieron con la Capilla de Nuestra Señora del Rosario, tanto en todo el paramento exterior como en el óculo de la misma. Una vez que se retiró el polvo acumulado, se procedió a la consolidación de los paramentos murales mediante inyección en grietas de mortero de restauración. Tras fijar la capa pictórica, se reintegraron cromáticamente las lagunas de color existentes.
La Capilla de Nuestro Padre Jesús de la Sentencia, ocupó la tercera fase de restauración. Esta capilla, mostraba un estado mejor que las demás que componen los laterales del templo. Aún así, se procedió igualmente a la retira exhaustiva de depósitos de polvo y suciedad, y se fijaron aquellas lascas o desprendimientos de pintura para finalizar con la pertinente reintegración cromática.
Respecto a las capillas del Cristo de la Salvación y de la Hispanidad, se procedió de idéntica manera, retirando igualmente los testigos colocados hace años para estudiar el movimiento de los muros. Las cornisas perimétricas de la Basílica han gozado también de especial cuidado restaurador, con intervenciones puntuales por falta de mortero en la mayoría de los casos.
Por otro lado, la bóveda y la escena del coro han requerido especiales cuidados con el fin de devolver a los mismos los valores estéticos devaluados por el transcurrir de los años y por los agentes atmosféricos que, como la humedad procedente del exterior, han hecho estragos en ciertas zonas. Grietas y fisuras fueron, pues, objeto de especial atención, devolviendo al conjunto su volumen y cromatografía originales».
Para el arco toral del Altar Mayor e intradós y bóveda central del Presbiterio, así como los óculos que la iluminan, han requerido la mayor parte del tiempo invertido en el conjunto del proyecto. Tras consolidar el soporte mural, se retiraron las sales que generaban eflorescencias en la película pictórica, y se reintegró la volumetría y la cromatografía intentando por todos los medios una intervención de mínimo impacto.